Der luxuriöse Charakter der Lodge wird durch die Innenausstattung und Farbgebung der 2 Doppelzimmer ergänzt. Alle Zimmer verfügen über ein eigenes Bad, eine Klimaanlage, einen Kühlschrank, einen Haartrockner, ein Telefon und einen Wasserkocher für Tee und Kaffee.

Alle Unterkünfte der Frans Indongo Lodge wurden aus natürlichen Materialien wie Stein, Stroh und Holzbalken erbaut und sind von der lebendigen Ovambo-Kultur im Norden Namibias inspiriert.