Der Franziskanerorden war der erste, der sich in Goa niederließ und 1517 selbst die Erlaubnis von König Manuel I. erhielt, ein Kloster zu bauen. Die frühe Kirche wurde 1521 fertiggestellt, wurde aber ab 1661 komplett umgebaut. Dabei wurde ein Portal im manuelinischen Stil erhalten und an der manieristischen Fassade der neuen Kirche gebaut. Dieses Portal aus dunklem Stein hat ein typischerweise Manufaktur gelapptes Profil und einen Streik flankiert von Armillarkugeln von König-Manuel-Symbolen. Die Fassade ist schmal und hoch, mit zwei Türmen von achteckigem Schnitt. Vorne befindet sich ein großes Granitkreuz.

Der Innenraum hat ein einziges Gewölbeschiff mit Seitenkapellen und Querschiff, bedeckt mit Stuck und Gemälden. Der Boden der Kirche, wie andere Kirchen von Goa, hat viele Gräber mit Inschriften und Mänteln. Die Hauptkapelle hat mehrere Gemälde über das Leben des Heiligen Franziskus von Assisi und ein großes vergoldetes Altarbild aus dem Jahr 1670 mit einem Bild von Jesus am Kreuz, das mit einem Arm Francis Xaver umarmt. Hinter dem Altar, der durch eine Öffnung sichtbar ist, befindet sich ein geschnitztes Tabernakel, das von Statuen der vier Evangelisten unterstützt wird, in dem das Allerheiligste Sakrament und das Ciborium ausgestellt wurden.