De Amankora Punakha lodge is gevestigd in een traditionele Bhutanese boerderij en wordt bereikt door een hangbrug over de rivier de Mo Chhu. De gastenkamers beschikken over acht suites, identiek aan die van Amankora Paro. De comfortabel ingerichte kamers bieden uitzicht op een oranje boomgaard en rijstterrassen.