100 km al sur de Mweya, Ishasha, el sector más remoto al sur del parque ofrece una verdadera experiencia en una naturaleza en estado puro. Diversos hábitats, incluyendo el propio río Ishasha, el bosque de sabana, y las zonas pantanosas del lago Eduardo mantienen una variedad de vida salvaje, incluyendo los famosos leones trepadores de árboles y el raro picozapato, ave de aspecto prehistórico del que quedan escasos ejemplares.