De Ngorongoro Conservation Area ligt in een gebied waar diverse vulkanen zo'n 10 a 15 miljoen jaar geleden actief waren. De vulkanen liggen alle maal op een grote scheur in de aardkost, deze scheur die over het hele continent loopt, wordt Grote Slenk of Rift Vallei genoemd. Dit gebied wordt Crater Highlands genoemd. Dit natuurgebied van 800 vierkante kilometer, omvat de beroemde krater, de Olduvai-kloof en uitgestrekte vlaktes die zich uitstrekken tot aan de Serengeti.
De Ngorongoro krater, is eigenlijk een ingestorte vulkaan kegel, overgebleven kom, wordt een caldera genoemd. Deze heeft een oppervlakte van 260km2 en is 610 meter diep. De lava op de bodem van de krater zorgt voor een zeer vruchtbare ondergrond. De caldera is bedekt met glooiende grasvlaktes, meren, moerassen en veel acaciabomen, een boomsoort die er uit ziet als een paraplu. In het Lerai Forest in de caldera vindt men ook de zeldzame "fever trees", ofwel koortsboom, met citroengele bast.
Deze weelderige en onaangetast begroeiing, trekt vanzelfsprekend grote groepen herbivoren aan. En zij vormen weer een lekker hapje voor de roofdieren in dit gebied. Gelukkig is dit gebied al beschermd sinds 1979 en staat het op de Werelderfgoedlijst. Dit verklaart de grote aantallen wilde dieren, meer dan 25.000 stuks. Waaronder 26 zwarte neushoorns, 7000 gnoes, 3000 eland (grootste antilopensoort), 3000 gazellen, 4000 buffels. Vanzelfsprekend kunt u hier ook de Big Five spotten bestaande uit de olifant, leeuw, luipaard, buffel en neushoorn. De troep leeuwen die leeft in de krater bestaat uit meer dan 60 dieren. Andere roofdieren zijn de Afrikaanse wilde hond (painted dog), jakhals, gevlekte hyena en andere katachtigen. De giraffe schittert door haar afwezigheid, deze statige dieren kunnen de afdaling naar de caldera niet maken.
Vogelaars kunnen hier meer dan 500 soorten vogels spotten. De grotere vogels zijn eenvoudig te spotten, zoals de struisvogels, kori-trap en kraanvogels. Lastiger te vinden zijn de bergdrongovliegenvanger en de Livingstone toerako. Flamingo's zijn te vinden bij het Lake Magadi in de krater. De legendarische jaarlijkse gnoes en zebra migratie gaat ook door Ngorongoro, wanneer de 1,7 miljoen hoefdieren naar het zuiden te verplaatsen in het gebied in december dan verhuizen naar het Noorden in juni. De migranten die over de vlaktes van het reservaat gaan omvatten 1.7 miljoen gnoes, 260.000 zebra, en 470.000 gazellen. Het Ndutumeer in het westen, heeft grote cheeta, en leeuwenpopulaties. Meer dan 500 vogelsoorten zijn geregistreerd binnen de NCA. Deze omvatten struisvogel, witte pelikaan en grote en kleine flamingo op lake Magadi in de krater,Lake Ndutu, en in het Empakaai kratermeer, waar een enorme vogelpopulatie kan worden waargenomen.
De route van de legendarische, jaarlijkse Grote Trek, of wel de migratie van meer dan 2,5 miljoen hoefdieren, loopt door de Ngorongoro Conservation Area. Afhankelijk van wanneer de regens beginnen, trekken de 1,7 miljoen gnoes, 260.000 zebra's en 470.00 gazellen door dit gebied.
