Die San Pedro Claver Kirche und Kloster wurden zwischen 1580 und 1654 erbaut. Ursprünglich als San Juan de Dios Kirche bekannt, wurde sie ab 1622 als San Ignacio de Loyola Kirche bezeichnet und ist heute als San Pedro Claver Kirche bekannt. Der Name ist zu Ehren des Heiligen Pedro Claver, der sowohl für die Unterdrückten als auch für die Befreiung der Sklaven kämpfte. Er lebte und starb im Kloster neben der Kirche. Am Altar befinden sich die Überreste des heiligen Peter Claver, der 1654 starb.

Die Kirche ist mit Ausnahme der Kuppel kolonial, da 1921 die ursprüngliche Kuppel beseitigt und die heutige errichtet wurde.